Najwyższym organem władzy stowarzyszenia jest Zjazd Delegatów, złożony z przedstawicieli (Prezesów) wszystkich komitetów lokalnych w Polsce. Za koordynację i kierowanie stowarzyszeniem odpowiada Zarząd Stowarzyszenia, będący jego władzą wykonawczą. Zarząd IAESTE Polska wybierany jest na roczną kadencję, składa się z Prezesa (Prezydenta IAESTE Polska), Wiceprezesa (Sekretarza Narodowego IAESTE Polska), Skarbnika oraz maksymalnie dwóch Członków Zarządu. Praca Zarządu jest kontrolowana przez 4-osobowy Komitet Doradczy. Za proces wymiany praktyk odpowiedzialny jest Koordynator Wymiany.